Le millepertuis perforé est une plante vivace très polymorphe, petite ou grande, glabre; les tiges sont dressées et présentent 2 lignes saillantes; les feuilles sont opposées, elliptiques à linéaires, sessiles, parsemées de nombreuses poches translucides, bordées de points noirs; les fleurs sont jaunes  réunies en panicule large, les sépales sont étroits avec ou sans ponctuations noires; les pétales sont ponctués de noir; le fruit est une capsule ovale